แก๊งนักสืบเยาวชนได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้มาดูปลาวาฬที่เกาะฮะจิโจ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) ว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกจินฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันรู้สึกสังหรณ์ใจไม่ดีจึงลอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่คุโรดะ เฮียวเอย์ และผู้เกี่ยวข้องกับกรมตำรวจโดยสารอยู่มุ่งหน้าไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย ?แปซิฟิกบูย? แล้วลอบเข้าไปในตัวอาคาร และแล้วก็เกิดคดีวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวในอาคารที่กำลังเตรียมการใช้งานระบบจริง! ยิ่งไปกว่านั้น USB ของเธอซึ่งบันทึกข้อมูลบางอย่างยังตกอยู่ในเงื้อมมือขององค์กร… เสียงใบพัดเรือที่ดังชวนขนลุกในท้องทะเล และแล้ว เงามืดก็แอบเข้ามาหาไฮบาระที่พักแรมอยู่ที่เกาะฮะจิโจ? เมื่อกล่องดำที่ไม่ควรแตะต้องเปิดออก อดีตที่ถูกผนึกไว้ก็ลอยขึ้นมาบนผิวน้ำ